中国能源资讯网国务院发展研究中心资源与环境政策研究所副所长常纪文指出，新《环境保护法》的实施遇到了很多的问题和阻力：
一是公益的案例并没有像公众想象的那样大量涌现。
二是对诉讼案件，地方法院不立案、地方政府不执法现象较为普遍，这一状况的出现与中国的法治结构缺陷密切相关。近来，一系列围绕环评的改革措施也相应出台，但环保部的地位和机构建设现状，决定了这些措施在实施过程中难以“下基层”。
首先，从机构的地位来看，环保部门的机构地位呈现“倒金字塔”结构，即环保部门中央和省级机构力量较为强大，专业化色彩突出，高级研究人才较多。相比之下，市、县一级环保部门的力量明显要单薄得多。
其次，环保部门的执法力量结构也呈现“倒金字塔”型，中央和省级执法力量雄厚，而市、县、乡级的执法力量则较薄弱，有的县级环保局能够保障日常执法的工作人员只有一到两人，而部分乡镇根本没有任何执法力量。
再次，环保部门自身也存在很多问题。如其既当“运动员”也当“裁判员”的情况时常存在。
解决当下的问题需要先理顺机制，故在环评和环境规划上，环保部应该只主管行政审批，剥离其经营的职能，让市场去提供第三方服务，这样不仅释放了编制，还可以大大提升基层的专业素养和执法能力。
截至目前，中国各地筹备成立和已经成立的资源环境审判法庭至少有50个，这在世界范围内创了新高，像我国这样，在全国范围内大量存在资源环境审判庭的情况在其他国家是鲜有的。
我国的资源环境审判法庭是2014年从国外引进的。我们引入国外经验时侧重强调优点、忽略缺点，没有立足我国国情加以深入调研、考察，致使很多制度引进后水土不服。
首先，环境审判改革面临相关人员专业性欠缺的问题。最高人民法院资源环境审判庭的法官都是从民事庭转岗过来的，没有专门从事资源环境审判的。其次，目前环境诉讼案件并不多，而且一些环境公益诉讼案件的提起是地方政府或地方法院为了自我宣传而操作的结果。
虽然新《环境保护法》希望通过“面面俱到”的方式加强其在环境保护领域中的权威性，但仍然不是中国的环境基本法。譬如，在规定生态红线制度、加强自然生态区域保护、加强生态修复、保护生态安全、开展生态补偿、重视农业生态保护等制度的法律效力等级上，并不高于《农业法》、《林业法》、《草原法》、《水法》等专项法律，实际上只能起到指导、补充的作用。
新《环境保护法》在生态保护方面也将遇到权威性不够的问题，在其实施过程中，农业、林业、海洋、国土资源等部门以生态保护适用已有专项法为由，拒绝适用新环保法的相关规定。
因此，若不能确保新环保法的权威性，其部分规定将会逐渐被架空，最后形同虚设。
其次，在实践中，农业、林业、海洋、国土资源等各部门均相继强化了本部门的资源保护和污染防治工作，而对环保部门的统一指导和监督却持抵触，甚至否定态度。环境保护的相关法律、法规在立法过程中缺乏统一的指导原则、方法、措施及手段。
再者，新修订的环保法仍然没有明确宣告和承认公民的环境权，这将不可避免地使公民环境权无法得到保障，使公民参与权无法充分实现。
体制不顺畅、机制不健全，是新环保法实施的两大困局。在现实中，环保部门不能、不敢严格执法的主要原因在于，地方党委和地方政府的干预。
新环保法的实施使得地方环保部门的执法工作面临严峻挑战：若不严格执法，公众对环境污染问题不满意；若严格执法，地方党委和政府也不满意。
新《环境保护法》授予环保部门及其他相关部门查封、扣押的权力，但在行使权力的过程中却遭受巨大的阻力，强制执行权难以得到全面、有效的贯彻、执行。
